Причиной созыва Собора стала кончина Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и необходимостью избрания нового Предстоятеля Русской Православной Церкви, как о том гласит пункт 16 главы IV Устава Русской Православной Церкви от 2000 года.
Решение о созыве Поместного Собора и его проведении с 27 по 29 января 2009 года было принято на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви в Патриаршей резиденции в Свято-Даниловом монастыре под председательством Местоблюстителя Патриаршего престола 10 декабря 2008 года. В синодальном заседании также приняли участие члены Священного Синода как из числа постоянных, так и временных, вызванных на текущую сессию.